明清时期，五台山佛教发展到了它的鼎盛时代，其突出表现为喇嘛教的兴盛和清朝皇帝频频朝礼五台山。
　　明太祖朱元璋早年出身僧侣，对佛教自然格外尊崇，对名僧大德恩礼尤加，并建立了一整套僧官机构。他改善世院为僧录司，设左右善世、左右阐教、左右讲经、左右觉义等僧官。这些僧官的品秩都很高。成祖、宪宗、孝宗、武宗、神宗等都严守祖训，也十分尊崇佛教。为了笼络蒙藏少数民族，又十分推崇喇嘛教。明成祖永乐四年（1406），朱棣派人到西藏迎请噶举派名僧哈立麻喇嘛（本名却贝桑波）到京。次年，封为“万行具足千方最胜圆觉妙智慧善普应佑国演教如来大宝法王西天大善自在佛”，简称大宝法王。哈立麻以“性喜林泉，朝廷之下，恐妨禅业”奏辞。于是，明成祖“乃赐銮舆旌幢伞盖之仪，遣使卫送于五台山大显通寺。”同时，又大兴土木，“命太监杨升重修寺宇，并葺育王所置佛舍利塔（ 即现在的五台山大白塔），以饰法王之居。” 卒后，明成祖又敕命为哈立麻在显通寺法堂塑像奉祀，是为五台山有喇嘛教之始。在明代，五台山的僧官称“钦依提督五台山兼管番汉僧寺”，可见当时五台山佛寺已有“番僧寺”和“汉增寺”之分了。这样，以佛教圣地著称的五台山，在明代又发展成为兼有汉地佛教和藏传佛教（即喇嘛教）的名山了。这为五台山佛教在清代的鼎盛奠定了基础。
　　有明一代，五台山佛教在皇家的思护下，日益隆盛。憨山德清的例子便可说明之。憨山德清，（1546—1623），俗姓蔡，讳德清，字澄印，全椒（今属安徽）人，十九岁时，在金陵栖霞山出家。二十八岁，“春正月，往游五台，先求《清凉传》，按迹游之。至北台，见有憨山，事甚佳，因问其山何在，僧指之，喜奇秀，默取为号。”从此，便居五台山钻研《华严经》近十年。万历十年（1582），他在五台山显通寺讲论《华严经》，“百日之内，常住上牌一千众”。可见五台山僧侣之众多。当皇太后“遣官于五台”祈求皇储时，德清恰好正准备在显通寺举办“无遮法会”；他抓住这个难得的机会，遂“将所营道场事宜，一切尽归并于求储一事。”第二年，果然皇子降生。从此，德清倍受皇家恩宠，藉此为五台山佛教界取得了诸如优免田赋等许多特权。熹宗天启三年（1623），卒，年七十八，著述有：《华严法界境》一卷，《楞严通义》十卷、《法华通义》七卷、《观楞侧记》四卷、《肇论略注》三卷。憨山德清与云栖株宏、紫柏真可、藕益智旭并称为“明代四高僧”。明万历时，据镇澄编修的《清凉志》记载，五台山“台内佛刹、凡六十四所。台外佛刹，凡三十六所”。寺院林立，颇为繁盛。
　　清朝建立后，特别尊崇佛教，尤其重视利用喇嘛教来维护对蒙古和西藏的统治。鉴于蒙古和西藏盛行喇嘛教，并十分崇仰文殊菩萨的道场五台山，所以，清朝政府便将五台山开放，供其朝礼。从此，蒙藏两族，朝山者络绎不绝。
　　清朝的开国皇帝顺治帝，非常信佛，甚至还想出家为僧。康熙，雍正、乾隆和嘉庆四帝都曾多次朝拜五台山。他们朝礼五台山不是为了游山玩水，因为游览五台山的最好季节是盛夏六、七月间，而清帝朝山的时间却在冰封雪飘的农历二、三月间。清朝皇帝朝礼五台山，一是满洲与文殊的词音相谐，因而对文殊菩萨和五台山怀有特殊感情，“澹谒（文殊）金容实为国朝万年丕基之庆。”二是为了“携蒙古藩王同来，从其所欲”，以“示中外一家之心，昭熙朝大同之治”，达到“以黄教绥柔蒙古”的目的。
　　清圣祖玄烨曾于康熙二十二年二月和九月，三十七年三月、四十一年二月、四十九年二月，五度朝礼五台山。每次朝山，都不顾山高路险和气候严寒，“亲礼五顶，各寺拈香。”他首次朝台返京行至五台县石嘴东的山谷时，“忽有虎伏林莽间，亲挽雕弓射之，虎应弦毙，因抚臣请，赐名射虎川。” 后来，遂“ 发帑金三千一百八十两”，在射虎川建寺名“台麓寺”，是为五台山第二大喇嘛寺。回京后，有感于五台山寺庙年久失修，为了便于蒙藏佛教徒朝礼，“命发帑金三千两，重修菩萨顶大文殊院及南台普济寺、东台望海寺、中台演教寺、北台灵应寺、西台法雷寺。”