藏传佛教是印度佛教传入我国藏区后与藏族固有的苯教长期斗争、互相融合而形成的具有藏区特征的佛教。香格里拉迪庆境内流传的藏传佛教，各教派与西藏相同，教义为大小乘兼容而以大乘为主，但吸收了苯教的某些祭仪和境内的一批自然神祗，佛经宣传也有其地方特色。长期以来，藏传佛教不仅深刻影响香格里拉迪庆藏区整个社会的政治、经济和文化，而且还广泛传播到其他民族聚居区，被纳西族、普米族和汉族所信仰，对他们的政治思想、文化艺术、生活习惯产生了极其深刻的影响。
　　传入唐调露年间（６７９－６８０），吐蕃在迪庆境内金沙江上架起了著名的吐蕃铁桥，并设神川都督府，派驻“伦”一级官员，“收乌蛮于治下，白蛮贡赋。“宗教文化受其影响。迨至公元八世纪，赞普赤松德赞在西藏建桑耶寺，遣使迎请印度高僧菩提萨陲和白马桑菩瓦入藏传经，任用佛教僧侣执掌吐蕃政权，　佛教在西藏兴盛起来。后来赞普赤热巴巾继位，　大力崇佛，并推行“七户养僧制”，佛教势力到达迪庆，出现了专职僧侣。这一时期流行于藏区的佛教，史称“旧密法”。
　　公元９世纪中期，赞普朗达玛兴本灭佛。佛教徒中有携经典到康区避难者，对佛教在迪庆的传播起到桥梁作用。后至公元１０世纪，佛教在西藏再度兴起，迪庆境内有僧侣争当前期高僧真传弟子，说他们念诵的是“伏藏”真经。
　　１１世纪中叶，藏传佛教各教派次第形成。噶举派黑帽系一世活佛都松钦巴曾于公元１１４７年到康区传教，尔后该派二世活佛噶玛拔希自大都回康区传教途经梅里雪山，曾诵“卡格博松语”（祷文）。至明末，境内噶举派高僧云集，寺庙遍布。
　　格鲁派传入迪庆是１６世纪末期。　公元１５７８年，三世达赖喇嘛索南嘉措接受丽江木氏土司邀请，　到云南藏区传教，之后又到达巴塘、里塘一带。他在理塘修建的“长青春科尔”寺，为康区格鲁派大寺。由于“三塘”（巴塘、理塘、建塘、中甸《今香格里拉》）地域犬牙交错，连成一片，格鲁派随之传入迪庆。
　　宁玛派传人迪庆约在１１世纪。以前印度高僧莲花生（白玛穹乃）到过德钦，如今在梅里雪山尚存“衮满”寺遗址。明、清时期，为宁玛派在中甸（今香格里拉）、德钦传播极盛时期，仅中甸（今香格里拉）就有宁玛派寺庙９０余座。公元１６４３年，西藏格鲁派达赖、班禅约请蒙古和硕特部进兵藏区，强令宁玛派、噶举派改宗，从此宁玛派一蹶不振，噶举派仅剩一些小寺传承。
　　藏传佛教各教派产生的原因：一是封建农奴制社会出现之后，新兴的封建农奴主控制了当地的佛教势力，在他们争权夺利的过程中，所属的佛教团体必卷入斗争开始门户之见；二是各地高僧对佛教“空行”提出各自见解，以及在教义、仪轨等问题上出现的不同认识，加大了相互的对立。
　　由于教派利益的驱使，各教派僧侣加强了传教活动，加深了教理的研究，促使藏传佛教空前兴盛，在藏区广为传播。新中国成立时，迪庆境内共有藏传佛教寺院２４座，　其中：格鲁派１３座，噶举派７座，宁玛派４座。２４座寺院的分布：中甸（今香格里拉）３座，德钦１７座，维西４座。后来略有变化。截止１９９７年底，香格里拉迪庆全州开放活动的藏传佛教寺院共计２１座，其中格鲁派１２座：噶丹松赞林寺、噶丹德钦林寺、　噶丹东竹林寺、噶丹羊八景寺、扎依寺（含原扎史取里寺）、扎加寺、则母寺、觉顶寺、布顶寺、茂顶寺、书松觉母寺（含原叶日觉衮）、衮斯寺（原东旺活佛别墅改建）；　噶举派５座：承恩寺（哈批衮）、　达摩寺（含原来远寺）、寿国寺、云仙寺（桑主衮）、禹功寺；宁玛派４座：云登寺、英主顶寺、拖拉寺、布公寺。
　　１．宁玛派。是藏传佛教各教派中历史最久远的一派。“宁玛”藏语意为“古旧”，兴于公元１１世纪。据传说，公元８世纪，印度高僧莲花生曾到迪庆降伏卡格博恶神，推崇宁玛派教法。１１世纪后，宁玛派在德钦、中甸藏族聚居区广泛传播。
　　宁玛派僧人分两类：第一类僧人即“宁玛巴”，　有经典，出家人寺诵经修持，所诵经典称“伏藏”。第二类僧人即“仓巴”（又称“安巴”），无固定寺庙，习惯在山谷穴处修炼密法，其重要职责是为人念咒禳灾及祭神驱鬼，其法事类似苯教。
　　宁玛派僧人崇敬“三素尔”，并继承了行医传教的传统，颇得藏民敬仰。至清代，宁玛派受蒙古和硕特部武力镇压，被迫改宗格鲁派。迨至民国，仅存德钦三寺，中甸（今香格里拉）一寺，维西已无宁玛派寺院。新中国成立后，宁玛派寺庙得到修缮，佛寺活动恢复正常，一部分僧人还到西藏桑耶寺和多吉扎寺读经修习，另有一部分僧人则去康区白玉寺和噶托寺学经习教。
　　２．噶举派。“噶举”意为“口传”，是一个注重口传的教派。噶举派支系繁多，有“四大八小”之说。详见下表：
　　噶举派创始人有玛尔巴、米拉日巴等，噶举派噶玛巴（噶玛噶举）于宋仁宗时期（１０２３－１０４０）经巴塘传人迪庆。如今境内流传的多为噶玛巴。
　　噶玛巴有两个主要活佛系统：黑帽系和红帽系。相传黑帽系八世活佛弥觉多吉（１５０７－１５５４）曾到丽江，受木土司盛情接待。由于木氏大力推崇噶玛巴派，迪庆境内建寺不下百座，势力遍及云南西北及康区。明崇祯十二年（１６３９），徐霞客游丽江，在木土司家曾见到噶玛巴活佛，故在游记中有“庚戌年二宝法王（明朝皇帝所赐，系噶玛巴活佛封号）曾至丽江”的记载。此时噶玛巴高僧云集迪庆，促成境内寺院激增。明末，经营康区的木氏势微，格鲁巴派势力进入迪庆，至清康熙年间获得优势，噶玛巴派被兼并，寺院毁弃，仅有一些规模较小的寺院承传至今。
　　３．格鲁派。格鲁派兴于１５世纪末叶，是在宗喀巴进行宗教改革的基础上建立起来的。“格鲁”，善规（或善律）之意，因倡导并注重严守戒律，故名。
　　格鲁派大规模传入迪庆，是在公元１６４３年达赖和班禅约请蒙古和硕特部进兵藏区之后。公元１６６７年，和硕特部占领中甸（今香格里拉），西藏政府委派僧官管理地方，开始实行政教合一统治。公元６７４年以中甸（今香格里拉）噶举派嘉夏寺为首联合境内各寺院在木土司支持下燃起反对格鲁派的战火。在西藏乡佐农布、蒙古巴图台吉所率联军攻击下，噶举派武装一触即溃并被消灭。蒙藏联军关闭了中甸（今香格里拉）、　德钦一带大多数噶举派、宁玛派及苯教寺院，没收寺产，　解散僧众，大肆改建或新建格鲁派寺院。　藏历阳龙火年（１６７６），西藏噶厦摄政王洛桑银巴下文达巴塘第巴处：将德钦境内噶举派寺院红坡寺、德钦寺、冲冲错岗寺改宗格鲁派。两年后寺院改建工程竣工，五世达赖亲赐寺名噶丹羊八景林、噶丹德钦林、噶丹东竹林。自此德钦三大寺掌教（俗称“衮松堪布”）由西藏派遣形成制度沿袭至清末在中甸（今香格里拉），将噶举、宁玛和苯教寺院没收财产全部交给松赞林寺，于公元１６７９年破土动工，历时三年建成云南境内最大的藏传佛教格鲁派寺院，五世达赖赐名“噶丹松赞林”，由西藏三大寺选派高僧任掌教（堪布），划７０户差民为掌教农奴，３００户差民为寺院庄园。康熙帝颁发度牒３３０本，令当地土流官按年度支付皇粮及差发银两以供寺院香火。
　　格鲁派传入迪庆后，　由于得到中央王朝及地方官吏的垂青，　加之与西藏方面联系紧密，取得了极为尊崇的地位，在政治上享有许多特权，并拥有众多信教群众。
　　香格里拉迪庆州州境内较大的格鲁派寺院：香格里拉噶丹松赞林寺，清王朝赐定汉名“归化寺”，现有僧人６００人，活佛３位；香格里拉噶丹羊八景林寺（红坡寺），现有僧人３５人，活佛１位；香格里拉噶丹东竹林寺，现有僧人２８４人，活佛４位；噶丹德钦林寺，现有僧人３２人。
　　另外，香格里拉迪庆藏区有为数不少的尼姑，藏语称“觉姆”，意为佛母。尼姑多为格鲁派，亦有宁玛派和噶举派的。她们除遵守藏传佛教教规，还注重持守戒律，不得与陌生男人见面谈话，日落后即使是自己男性亲属也不准见面，不得梳装打扮，不得嘻笑歌舞，终日深居寺庙念经修持。
　　藏传佛教尼姑分两类：一类是住寺尼姑，剃发，　穿无袖上衣，有学位等级，最高可到“格西”学位；另一类是居家尼姑，剃发，学经修行，不结婚。居家尼姑在家庭中有较高地位，多数掌握家庭经济支配权。尼姑受“给颂”管理，“给颂”即师长，一般由熟悉经典戒律及仪轨的老年尼姑担任。尼姑的社会活动范围较小，生活主要靠家庭供给，亦有当地群众少量财物布施。建国前，境内有尼姑寺３座，住寺尼姑最多时达３００余人。居家尼姑分散各地，无统计数字。近年，尼姑多集中在香格里拉迪庆州德钦县奔子栏乡，计有尼姑１００余人，给颂３人。
　　香格里拉迪庆州境内还有从藏传佛教分裂演变的教派－仓巴。主要流传在香格里拉，维西和德钦亦有少数流传。
　　“仓巴”藏语意为“苦修派”或“苦行僧”。原为宁玛巴或噶举巴。仓巴僧人以口传为主，不用文字经典传授，以防泄露密法。修习密法时，需独自在深山岩穴中，有的长达十余年。修炼成功的仓巴可以还俗娶妻生子，饮酒食荤，参加生产劳动，平时为人进行禳灾祛邪的佛事活动。仓巴无固定寺庙，只有聚会点，亦无固定的聚会日期，常以乡为单位每年聚会一至二次。
　　４．萨迦派。元代，萨迦派在中央王朝支持下，建立了萨迦地方政权，结束了西藏近４００年的混乱局面。其时，萨迦派曾传入香格里拉东旺、格咱一带，但无寺院。受其影响，这些地区藏族民居至今保留有在墙上涂染红、黄、蓝三色线条的习惯。