南怀瑾在《宗镜录略讲》下册第四十三章中描述了他在四川乌尤寺拜访马一浮的场景：

　　又譬如当年我去看马一浮先生，一代硕儒，当时我名片一递进去，搞了半天，我坐在冷板凳上，心里也差不多要起火了，可是接着人家那个中门忽然打开了。古时候屋子的中门，平时是关着的，现在突然哗地打开了，这才看到马先生从中门出来，两排的学生，列队随后而出，问哪位是南先生。这是大开中门迎接，弄得我赶快跪下。这一棒子打得我可厉害了，原来一肚子火，等那么久，原来人家是在里头隆重准备接待你，人家叫学生赶快穿衣服，跟我出去接客，而且平时都走偏门的，这次大开中门。马先生和众弟子从中门那个大礼迎宾地出来，一下我那个双腿啊！不知膝之曲也！自己都不知道两个腿会跪下来。

　　请注意，年轻人啊！这都是我亲自经验的前辈的风范。那么，马一浮先生接见我的这个动作，就是《法华经》中佛说的不轻后学，也就是孔子所说的‘后生可畏’。并不是我可畏，而是人家对后生的期待重视。

　　李叔同曾对丰子恺说过：“马先生是生而知之的，假定有一个人，生出来就读书，而且每天读两本，而且读了就会背诵，读到马先生的年纪，所读的还不及马先生之多。”

　　1912年，蔡元培为教育总长，聘马一浮为秘书长，马一浮与蔡元培在尊孔读经的问题上发生分歧，到职不到三个星期即辞职。马一浮后来在回忆这件事情的时候说：“蔡邀余作秘书长，余至而废止读经，男女同学云部令已下，不能收回，与语亦不省。又劝设通儒院，以培国本，聚三十岁以下，粗明经术小学，兼通先秦各派学术源流者，一二百人……使于西洋文字精通一国，能为各体文词，兼通希腊、拉丁文，庶几中土学者可与世界相见，国本初张，与民更始，一新耳目。十年、二十年之后，必有人才蔚然兴起，此非一国之本，亦世界文化沟通之先声也。”

　　在抗战期间，新儒家的三大书院相继诞生，马一浮在1939年首先开办复性书院后，梁漱溟在重庆办勉仁书院，张君劢在云南办民族文化书院，这样就使新儒学的复兴在当时达到了一个新的阶段。马一浮1939年初去重庆办书院时，蒋介石设宴款待，并由侍从室拨专款资助。在书院的名称上，马一浮认为古代书院往往以地域命名，如鹅湖书院、白鹿洞书院；近代又从意义命名，如诂经之类，以地域命名有地方性，不如从意义上命名，可以使人一望而知其宗旨。“今若取义，鄙意可名为‘复性书院’。学术人心所以纷歧，皆由溺于所习而失之，复其性则同然矣。复则无妄，无妄则诚矣。……教之为道，在复其性而已矣。”

　　任继愈回忆说：“马先生在重庆期间我看望过两三次，记得都是与贺自昭先生同去的。第一次会面，见马先生白髯垂胸，说话声音洪亮，出口成文，语言典雅，从马先生身上的儒者气象，想见当年程朱晬面盎背的风范。”冯友兰在回忆文字中曾写道：“据说，马一浮给学生上课，仪式是很庄严的，在一个大厅里，铺上红毡，毡上设桌讲座。学生先站班，站班以后，派代表进去，启请讲主出来开讲。”

　　马一浮、熊十力和梁漱溟等均是不同身份的教师，他们都不甚满意当代大学的教育制度，并寄希望于宋明时代书院的理想。在这方面，马一浮与现实之间的鸿沟尤为明显，熊十力批评大学的课堂，自己在家里上课，但尚愿意留在大学。而就马一浮个人来说，他的个人气质及其特点都无法适应当代的大学教育制度。

　　熊十力抱怨书院没有生气，他心目中的人才是像曾国藩帐下的弟子一样，能够征战治国，而不是佛门禅客，“涤生罗一世之才，阳明门下亦尽当时之彦矣。然涤生所造之才，皆足济时用，身死数十年，更有清朝局，犹赖其支流以扶危济困”。“上窥阳明门人，人才辐辏，皆禅客耳。……涤生造世之功，顾不伟耶。”“阳明一生精神，毕竟理学家的意味过重，其所以自修而教人者，全副精神都只在立本而不知本之不离末也，都只在明体而不知体之不离用也，都只在修身而不知身之不离家国天下与一切民物也，此其所以弊也。”王元化在其《九十年代》日记中同一些熊十力的研究者和崇拜者一样，赞赏熊十力及牟宗三、徐复观等弟子的成就，并批评马一浮没有培养出好的弟子。

　　然而对马一浮来说，他从一开始就没有打算培养熊十力心目中的那些能安邦定国的人才，因为他们已经由别的学校培养，用不着来办复性书院了。马一浮坚持的是从孟子到陆王的“内圣”的理想，始终将人的内在道德作为人的首要条件。马一浮另一个常见的说法是，孔子的弟子不是曲阜的衍圣公，而是程朱陆王。由此可以想到在当代的大学中，大学所为之炫耀的不是学者，而是本校出了多少官员，有多少大楼和经费。这和马一浮的信念，即学术的生命“不在涌现楼阁，广聚人才”有更多的距离。